Tádzsikisztán folyói teljes áramlással rendelkeznek, és főként az Aral-medencéhez tartoznak. És csak néhány ömlik a Karakul -tó vagy a Tarima folyó vizébe.
Amu Darya folyó
Az Amu Darja csatornája egyszerre négy ország - Afganisztán, Tádzsikisztán, Üzbegisztán és Türkmenisztán - területén halad keresztül. A csatorna teljes hossza 2400 kilométer. Ebből 1415 kilométer halad át az országon. Az Amu Darja forrását két folyó - Vakhsh és Pyanj - összefolyása alkotja. A folyó torkolata az Aral -tenger vize (az összefolyásnál nagy deltát képez).
Kevés mellékfolyó található a folyó közelében. Az Amu Darya átlagosan Kafirnigan, Surkhandarya és Sherebad vizét fogadja, valamint egy bal oldali mellékfolyót - a Kunduz folyót. És tovább, az összefolyás helyéig nincs több mellékfolyó. A folyó vizeit aktívan használják, ezért az Amu Darja nem éri el az Aral -tengert. Pontosan ez lett az egyik oka a kiszáradásának.
Az Amu Darya vizeiben elég sokféle halfaj található: asp; kopasz férfi; aral harcsa; aranyosfejű hal; sabrefish; ezüst ponty; Fehér amur; gyűlöl.
Vanj folyó
Az egyik folyó, amelynek csatornája kizárólag Tádzsikisztán területén található. A Pyanj folyó jobb oldali mellékfolyója. A folyó teljes hossza 103 km. A forrást két folyó összefolyása képezi - az egyik a Vanch -gerinc gleccsereiből, a másik a Tudományos Akadémia gerincéről (nyugati lejtő) ered. A csatorna a Vanch és a Darvaz gerinc között húzódik.
Kashkadarya folyó
Területileg a folyómeder Tádzsikisztán (Sughd régió) és Üzbegisztán (Kashkadarya régió) földjein halad át. Hagyományosan a folyónak három neve van: a felső folyásban - Obikhunda; a középút - Shinachasai; alacsonyabb - Maimanakadarya.
A csatorna teljes hossza 378 kilométer. A folyó forrása 2960 méter tengerszint feletti magasságban található, és két névtelen folyó alkotja. Főbb mellékfolyói: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Muksu folyó
A csatorna teljes hossza 88 kilométer. Muksu Tádzsikisztán Jirgatal régiójában található. A forrás két folyó összefolyása: Seldara és Sauksoy (Fedchenko és Bolsoj Saukdar gleccserek).
Kuzylsu folyó
A Kyzylsu, azaz "vörös folyó", Kirgizisztán és Tádzsikisztán területén folyik át. A forrás a Trans-Alai-hegység lejtői. A csatorna teljes hossza 235 kilométer. A Muksu folyóval való találkozáskor a Vakhsh folyó keletkezik.
Vakhsh folyó
A folyócsatorna teljes hossza 786 kilométer, és mindegyik áthalad Tádzsikisztán területén. A folyó forrása a Pamir lejtőin található, de a Pyanj folyó vizeivel való összefolyás helye a nagy Amu Daryát eredményezi. A folyó az öntözés és az energiatermelés fő forrása.