Honduras legtöbb folyója hegyvidéki. És megnyílik az egész köztársaság legnagyobb folyói - Patuka, Ulua és Aguan - listája.
Aguan folyó
A folyó áthalad Honduras északi területein, kezdve a Yoro megyétől. Aztán útnak indul, keleti irányt választva, átkelve a Colon megyei földeken. Az út pedig azzal ér véget, hogy a Karib -tenger vizébe ömlik (Santa Rosa de Aguán közelében). Az áram teljes hossza eléri majdnem négyszáz kilométert. Az Aguanának több mellékfolyója is van.
A folyóvölgyet aktívan használják a mezőgazdaságban. A patak felső / középső részének völgyében zöldségföldek, valamint kukorica- és babültetvények találhatók. Az alsó folyás völgyét a rizs és a citrusfélék kapják. Olajpálmát és platánt is termesztenek itt.
Riu-Sumpul folyó
Rio Sumpul egyszerre két állam - El Salvador (északnyugati része) és Honduras (délnyugati területek) - földjein halad át. A folyó nagyon rövid - mindössze hetvenhét kilométer -, és teljes hosszában határként szolgál, amely megosztja ezen államok területét.
A Rio Simpul forrása El Salvadorban található. Ott a folyó több települést is átlép (mindegyik egy megyében - Chalatenango) található. A Rio Lempa vizébe ömlik.
Rio Torola folyó
Rio Torola áthalad Közép -Amerikán, átfolyik El Salvador (északkelet) és Honduras (a köztársaság déli része) földjein. A Rio Torola teljes időtartama valamivel több mint száz kilométer. A folyó Salvador területén ered, ahol a Lahitas folyó összeolvad a Mansukupagua -patakkal. A Rio Torola torkolata a Rio Lempa vize.
Ulua folyó
A folyómeder átvág Honduras területén az északi részén, az Intibuca megyei területekről kiindulva (nem messze La Paztól, a Cordillera de Mentesillos hegység lejtőitől). Az áram teljes hossza 358 kilométer, teljes vízgyűjtő területe majdnem huszonháromezer négyzet.
A folyót a Sasagua és a Puringla összefolyása alkotja. Felfelé Rio Grande de Otoro néven ismert. Kezdetben a folyó észak felé rohan, áthaladva Santa Barbarán, de ezt követően Ulua élesen nyugat felé fordul, és három megyét - Yoro, Cortes és Atlantis - megkerülve befejezi az utat a Hondurasi -öböl vizein.
Goaskoran folyó
Goaskoran ösvényt húz Honduras és El Salvador földjein, áthaladva a déli országokon. Az áram hossza körülbelül százharminc kilométer, kétezerhatszázhatvanhárom négyzetkilométernyi vízgyűjtővel.
A jelenlegi utolsó tizennyolc kilométer a természetes határ a két állam között. A Goaskoran víz ivóvízforrás a partján élő ország lakói számára.